阵发性睡眠性血红蛋白尿的治疗包括贫血治疗、控制溶血发作、防治血栓形成等方面，一般需要长期维持治疗。
一、一般治疗
一些因素可诱发或加重血红蛋白尿，因此，患者应注意避免感染，尤其是上呼吸道感染，避免过分劳累或精神紧张，避免滥用药物等。
二、药物治疗
1、抗凝治疗：针对血栓发生着应给予抗凝治疗，开始用肝素类制剂，后改为香豆素口服抗凝剂维持。
2、减轻贫血：
（1）雄激素：雄激素可刺激红细胞生成，而且可以减少溶血，使贫血症状改善，输血减少。
3、减少溶血发作：
（1）糖皮质激素：可用泼尼松，多数患者能减缓溶血发作，小剂量皮质激素持续治疗可减少慢性溶血。
（2）抗氧化药物：对细胞膜有保护作用，常用大量的维生素E及叶酸，溶血可减轻，血红蛋白及红细胞亦随之上升。
（3）碳酸氢钠：一般采取口服或静脉滴注的方式，可以碱化尿液。
（4）抗补体单克隆抗体：依库珠单抗是补体C5的单克隆抗体，能阻止膜攻击复合物形成，疗效较好。
三、手术治疗
阵发性睡眠性血红蛋白尿症以药物治疗为主，暂无手术治疗。
四、其他治疗
1、红细胞输注：严重贫血，血红蛋白迅速下降致明显贫血或需外科手术时，输血可作为对症治疗或术前准备。
2、造血干细胞移植：根治本病在于重建正常造血组织功能，消除异常造血干/祖细胞，目前认为造血干细胞移植是去除异常造血干细胞的根治方法。一般造血干细胞移植治疗仅限于那些难治性，耐肾上腺皮质激素或有激素禁忌证的患者。