腹腔脓肿症状轻微，并且有局限、吸收趋势，可以行非手术治疗。如果症状严重，脓肿进行性扩大，可以采用手术治疗，包括经皮穿刺置管引流术，或者切开引流术两种方式。由于慢性消耗，同时需要胃肠外营养支持、维持水电解质及酸碱平衡等治疗。
一、保守治疗
适用于脓肿较小，有局限趋势，禁用于脓肿较大，无吸收可能的患者。
1、包括卧床休息，静脉输液，维持水电解质及酸碱平衡。
2、消耗严重者应给予全胃肠外营养，有腹胀的患者行持续胃肠减压。
3、静脉给予抗生素是重要的治疗方法，宜选用有效的广谱抗生素，并给予抗厌氧菌药物，如曾穿刺获取细菌学资料，应根据药敏试验结果调整抗生素的应用。
优点为对患者创伤较小，容易耐受，缺点为容易复发。
二、药物治疗
对于腹腔较小的脓肿适当应用抗生素治疗可促进炎症消退，但较大脓肿一般需要手术治疗。常用药物有头孢曲松钠、头孢孟多酯钠、阿莫西林克拉维酸钾、头孢呋辛钠、甲硝唑。
三、手术治疗
1、适应症：诊断明确，脓肿形成，脓腔较大，非手术治疗效果不佳，全般状况评估可以耐受麻醉、手术的患者。
2、禁忌症：全般情况差，不能耐受麻醉、手术患者。
3、常用手术方式：经皮穿刺置管引流术及切开引流术两种方式。
（1）经皮穿刺置管引流术：在B超或CT引导下，经导丝插管留置引流，将脓液尽可能吸净，并注入抗生素。优点是创伤小，可在局部麻醉下施行，一般不会污染游离腹腔，引流效果较好。适应症为与体壁靠近的、局限性单房脓肿。穿刺置管需由外科医师和超声医师或放射科医师合作进行。一旦穿刺失败或发生并发症，便于及时中转手术。
（2）切开引流术：目前已很少应用，术前借助超声和CT检查确定脓肿的部位，根据脓肿所在的部位选择适当的切口。膈下脓肿可以通过多种切口和途径进行切开引流，较常采用经前腹壁肋缘下切口，适用于肝右叶上、肝右叶下位置靠前及膈左下靠前的脓肿。在局麻或硬膜外麻醉下沿前肋缘下切口，切开腹壁各层至腹膜外，沿腹膜外层向上分离，接近脓肿，用注射器试穿，抽取脓液留作细菌培养和药敏试验。沿穿刺方向和途径进入脓腔，用手指探查脓腔分开间隔，吸净脓液，置入多孔引流管或双套引流管，并用负压吸引或低压灌洗。脓肿周围一般都有粘连，只要不分破粘连，脓液不会流入腹腔或扩散。
四、营养治疗
非手术治疗或者手术后早期患者，予禁食水、胃肠外营养，后期予高蛋白、高维生素、低脂饮食，保证机体足够热量。多吃粗纤维食物，保持大便通畅，避免辛辣等刺激性饮食，避免吃容易过敏的食物，戒烟、戒酒。
五、其他治疗
包括卧床休息，避免咳嗽，如果痰液黏稠，可以雾化吸入或者应用化痰药物，促进排痰。腹部理疗，辨证口服中药，促进胃肠蠕动。