目前甲状腺功能亢进症治疗药物主要是两大类，第一类是咪唑类，即甲巯咪唑，第二类是硫脲类，即丙基硫氧嘧啶。这两种药物选用哪种药物，需要医生根据患者病情来进行选择。
医生考虑患者病情时需要考虑患者自身其他的状况，第一个甲亢的严重程度，甲状腺激素水平情况；第二个患者自身其他状况，如血象，即血常规有无白细胞减少；第三个肝功能情况，有无肝功能受损。
医生根据甲亢严重程度、病因、患者自身其他情况，再选择使用哪种药物。一般药物治疗疗程以1.5-2年为一个疗程，但是由于甲亢是自身免疫性疾病，很多患者通过一个疗程不能治愈，可能需要更长时间。
尤其是儿童、青少年需要的疗程较长，一般儿童、青少年首选甲巯咪唑。妊娠女性，妊娠前3个月一般首选丙基硫氧嘧啶，3个月后可以选择甲巯咪唑或继续使用丙基硫氧嘧啶。所以甲亢治疗用药主要根据患者情况进行选择。
