乙肝小三阳能转阴，极少数患者没有经过抗病毒治疗，约1年后表面抗原自然转阴的几率不到5%，所以需要经过有效的抗病毒治疗。乙肝小三阳转阴在表面抗原转阴后，遗留三抗体阳性，即表面抗体、e抗体、核心抗体阳性。不会出现患乙肝小三阳的患者，经过一段时间后，乙肝五项转为全阴性。只要受到乙肝病毒的感染，其核心抗体的检测一定为阳性。
部分患者多次复查发现某次表面抗原转阴，但过段时间后表面抗体呈阳性。临床上多数患者需通过有效的抗病毒治疗，如核苷类药物、干扰素等。在抗病毒治疗的过程中，随着乙肝病毒的抑制、消耗，或刺激机体免疫系统等，可能达到表面抗原转阴。所以乙肝小三阳，可以达到表面抗原的阴转，而出现三抗体的阳性。
