肛周脓肿是比较常见的肛周感染性疾病之一，应积极予以治疗。肛周脓肿有时仅是表浅皮肤的感染病灶，比如毛囊炎、皮脂腺囊肿感染等，此感染相对位置比较表浅，仅是皮肤皮下软组织的感染。若形成脓肿应及时切开引流，并配合应用局部或全身抗生素，大多可以很快控制。
但有部分肛周脓肿可能和深部肛周疾病有关，常见的便是肛瘘，由于肛瘘是在肛门口有一个外口，在直肠内有一个内口，这样在直肠内外形成一个细而长的窦道，窦道会在肛周皮肤反复出现不能自愈的脓肿，即便进行切开引流，随着伤口的愈合，过一段时间脓肿又会再次出现。因此对于反复出现的肛周脓肿，应注意是否出现肛瘘，及时将肛瘘切开，使新生的肉芽组织由内向外的生成，才能根治肛瘘，也能最终解决肛周脓肿。
