肛门脓肿需手术治疗，肛门脓肿不是用药物治疗的疾病。肛门脓肿为肛肠软组织受微生物侵袭，出现感染性炎症性疾病，最终形成脓肿。但无论脓肿处于何种阶段，是否可感知脓肿产生，包块是否较硬或变软，均应手术切开引流。部分人就诊时包块未形成脓液，过几天形成脓后再切开引流即可。
无论是否感觉到脓液形成，都应予以及时切开引流。此类团块外表虽较硬，未感知到脓液存在，但实际脓肿内已有一定脓液存在。若未手术治疗，脓液在包块中未去除，仅靠人体吸收恢复需较长时间。同时脓液可能向四周波及，使肛门脓肿由简单脓肿变为较复杂脓肿，且不易完全治愈，可能继发肛裂、肛瘘。脓肿若未及时治疗，可能继发坏死性筋膜炎，即人体体表组织中筋膜出现混合性感染，包含厌氧菌感染甚至影响人的生命。
