肛门一旦形成脓肿，使用消炎药物治疗效果并不理想。临床治疗肛门脓肿主要采取局部治疗，尤其是切开引流。确诊为肛门脓肿后，需确定脓肿的部位、深度。无论皮肤软组织浅表感染，还是肛瘘导致肛门脓肿，均应及时切开有波动感的脓包，即用刀挑开皮肤并排空脓性分泌物。如果皮肤软组织感染，切开脓肿且控制感染后，脓肿可自然消退，不会产生明显后遗症。

如果肛门脓肿与肛瘘相关，会表现为脓肿反复发作、迁延不愈，应注意寻找肛门内是否存在开口，即肛门内口、外口连接的肛瘘。只有积极切开瘘管，待完全愈合后，肛周脓肿才会自然消失。