肛门脓肿即肛周脓肿，主要后遗症如下：
1、肛瘘：脓肿创面未愈合，形成慢性肛瘘，需要进行下一次手术，属于较常见后遗症；

2、肛门失禁：手术时脓肿较大或范围较广、切伤口较大，切伤口时可能累及肛门周围括约肌，包括外括约肌、内括约肌，导致愈合后肛门功能异常，主要为肛门闭合不紧或闭合不严。

多数肛周疾病属于良性，但在治疗过程中，注意避免引起肛门功能障碍。由于肛门功能发生障碍后，可导致生活质量急剧下降。