噬血细胞综合征的治疗分为两个方面，一方面是诱导缓解治疗，以控制过度炎症状态为主，达到控制噬血细胞综合征活化进展的目的。另一方面是病因治疗，以纠正潜在的免疫缺陷和控制原发病为主，达到防止噬血细胞综合征复发的目的。
一、一般治疗
1、噬血细胞综合征患者常常合并感染和多脏器功能的受累，支持治疗的准则应与正在进行造血干细胞移植患者的标准相似，包括预防卡氏肺孢子虫肺炎及真菌感染、静脉补充免疫球蛋白和防范中性粒细胞减少症。任何新出现的发热，需考虑噬血细胞综合征复发以及机会性感染的可能，并经验性广谱抗生素治疗。
2、患者由于血小板减少和凝血功能异常，自发性出血的风险很高，治疗期间的目标是将血小板计数维持在50×10^9/L以上。对于大量出血或血小板低下患者应输注血小板、新鲜冰冻血浆、凝血酶原复合物，必要时需要补充活化Ⅶ因子。重组人血小板生成素(rhTPO)也可在噬血细胞综合征治疗期间用于提高血小板计数水平。
3、患者因为炎症反应及化疗药物的药物毒性损害可能出现各脏器损伤，需密切监测脏器功能，若出现脏器功能衰竭时，应及时处理，对症治疗。
二、药物治疗
1、诱导治疗：目前广泛应用的标准治疗方案是HLH-1994或HLH-2004方案，由国际组织细胞协会分别于1994年制定，2004年修订。HLH-1994的8周诱导治疗包括地塞米松、依托泊苷(Etoposide，VP-16)，以及鞘内注射甲氨蝶呤和地塞米松。HLH-2004是基于HLH-94的重新修订，将环孢霉素提前至诱导期与VP-16同时使用。根据HLH-1994和HLH-2004治疗方案的前瞻性临床研究结果和国际组织细胞协会的最新意见，推荐在HLH诱导治疗期使用HLH-1994方案。
2、挽救治疗：初始诱导治疗后的2~3周应进行疗效评估，对于经初始诱导治疗未能达到部分应答及以上疗效的患者建议尽早接受挽救治疗。关于HLH的挽救治疗，国内外尚无统一的推荐方案。综合目前各临床试验的研究结果和药物在我国的上市情况，推荐下列挽救治疗方案：
（1）DEP或L-DEP联合化疗方案：DEP方案是一种由多柔比星脂质体、VP-16和甲泼尼龙组成的联合化疗方案。病情缓解后积极过渡到原发病治疗或造血干细胞移植。对于难治性EBV-HLH，可在DEP方案的基础上加用培门冬酶或门冬酰胺酶。培门冬酶或门冬酰胺酶使用的间隔时间为一个月，即可以采用L-DEP和DEP交替的化疗方案。
（2）混合免疫治疗(HIT-HLH)：抗胸腺细胞球蛋白(ATG)+地塞米松药物治疗。
3、维持治疗：若患者在诱导治疗的减量过程中无复发表现，并且免疫功能恢复正常，且没有已知的HLH相关基因缺陷，可在8周诱导治疗后停止针对HLH的治疗。符合异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)指征的患者应尽早进行。对于暂时不能进行allo-HSCT的原发性HLH患者，根据HLH-94方案，维持治疗为地塞米松加依托泊苷。对于继发性HLH患者应在HLH诱导治疗后病情得到有效控制同时，应积极针对原发病治疗。
4、CNS-HLH治疗：对有中枢神经系统受累证据的患者，病情允许时应尽早给予鞘内注射甲氨蝶呤和地塞米松(MTX/Dex)。每周鞘内注射治疗需持续到中枢神经系统(临床和CSF指数)恢复正常至少1周后。
三、手术治疗
该病一般无需手术治疗。