治疗焦虑、烦躁的情绪，首先要明确诊断，如果诊断为躯体疾病引起的焦虑、烦躁，比如甲亢的患者，就要进行甲亢的治疗；另外有的冠心病的患者，也会出现焦虑、烦躁的情绪，一定要使用一些治疗冠心病的药物。
在治疗这些躯体疾病的同时，如果患者焦虑、烦躁的情绪很明显，影响了患者躯体疾病的恢复，或者是患者没有办法配合躯体治疗，也可以短期、小量的应用一些抗焦虑药，甚至是抗精神病药物，比如常用的有苯二氮卓的抗焦虑药地西泮、阿普唑仑等；常用的抗精神病性的药物主要有奥氮平、奎硫平等。
一般都是小剂量、短期的应用，一旦患者的焦虑、烦躁情绪缓解，不至于影响躯体疾病的恢复，或者患者能配合躯体疾病的治疗，就应该将抗焦虑药或者抗精神病药减量甚至是停用，以免对躯体造成进一步伤害。
如果排除了器质性的病因或者其他躯体疾病引起的焦虑烦躁，考虑可能是由焦虑症或者是躁狂发作引起的，如果是焦虑症，建议使用有抗焦虑作用的抗抑郁剂，比如多塞平、帕罗西汀。
如果是躁狂发作或者是轻躁狂发作，那么可以选择心境稳定剂或者是抗精神病药物，常用的心境稳定剂有碳酸锂、丙戊酸钠、卡马西平等，用药前需要检查患者的躯体情况，并且需要监测血药浓度及患者的不良反应。
