诊断亚急性甲状腺炎可以根据病史、症状、体征，以及实验室检查结果来确定诊断，诊断并不困难，但是不典型病例经常容易被误诊，可以从以下几个方面进行诊断：
第一、甲状腺功能，亚急性甲状腺炎的分期不同，实验室结果也各不相同，急性期的时候血清T3、T4升高，TSH降低，碘-131的摄取率减低，主要是甲状腺炎症损伤，甲状腺滤泡内储存的T3、T4大量释放入血，通过下丘-脑垂体-甲状腺轴的负反馈调节作用使TSH反射性地减少。同时，炎症损伤也使甲状腺细胞对碘的摄取率降低，血沉加快，白细胞升高，甲状腺抗体呢通常情况下阴性。在甲状腺功能减退期，血中的T3、T4逐渐降至正常或低于正常水平，TSH逐渐回升至正常，碘-131的摄取率逐渐恢复正常。
第二、摄碘率及甲状腺核素显像，虽然甲状腺功能亢进，但是摄碘率很低，被称为分离现象，是亚急性甲状腺炎的特异性表现，对于诊断具有决定性价值，ECT的结果可以见到甲状腺内的荧光减少。
第三、甲状腺超声检查，可以见到规则的低回声区，甲状腺的不均质改变或者甲状腺的一个粗糙。
第四、甲状腺的细针抽吸细胞学检查，甲状腺滤泡细胞破坏为主，可以见到分叶的细胞、单核细胞、多核巨噬细胞浸润，还有微脓肿的形成和纤维化。虽然这种方法诊断亚急性甲状腺炎是一个金标准，但是是一个有创的检查，不容易被患者接受，所以这种方法没有被纳入诊断本病的一个常规检查。当诊断困难或怀疑合并其他甲状腺疾病时，甲状腺细针抽吸细胞学检查才被纳入考虑的范围之内。
