患者扁桃体肥大进行切除手术后对身体通常没有特殊影响，儿童时期扁桃体呈生理性肥大，若无任何临床症状通常不予干预，患者在10-14岁时扁桃体会逐渐萎缩。如果部分患者扁桃体出现三度肥大情况，可能阻塞咽腔导致咽腔狭窄，此时可能引起患者打鼾，或在打鼾过程中出现呼吸暂停现象，缺氧情况对儿童患者影响较大，可能造成智力或身体发育异常，需将肥大的扁桃体切除。

除上述情况外，若扁桃体反复发炎，达到连续2-3年且每年发炎3-5次的频率时，或患者长期低热症状可能也与扁桃体慢性炎症直接相关，均建议切除。当慢性扁桃体炎引起风湿性关节炎、风湿性心脏病或肾炎等远期并发症时，同样需将扁桃体切除。