胃肠道间质瘤不手术通常不可以治愈。外科手术是早期胃肠道间质瘤唯一可能实现治愈的一种方法，不手术一般不可以治愈。对于肿瘤直径<2cm的胃肠道间质瘤，如果医生评估危险性比较低，可以考虑定期随访观察，暂不进行手术。但如果危险性比较高，合并高危因素比较多，建议进行外科手术切除。
对于晚期的胃肠道间质瘤，无论是否手术都很难治愈，术后有半数以上的患者会出现复发和转移，并且复发转移的肿瘤多数生长比较迅速，对放疗和化疗均不敏感，患者主要是以靶向药物治疗为主。虽然有些患者可以进行二次手术，或反复的手术但是难以提高生存率。对于这部分患者，总体上影响生存期的主要因素是靶向药物的疗效，而不是手术。手术可以减瘤，在晚期的阶段手术是非根治性的，主要的目的是损毁、消除潜在继发性的有耐药突变的克隆，病灶切除以后可以延迟耐药发生的时间。
但手术是把双刃剑，会给患者带来创伤和风险，需要外科医生，评估手术是否有必要去做，什么时候去做，以及怎么去做，需要MDT(多学科会诊)讨论来决定。
