患者一般做气管镜检查之前，医生都会进行充分的术前检查，如心电图检查、血常规检查、凝血功能检查等。如果患者风险相对较高，医生会与患者沟通，可能会取消相关检查。但如果医生感觉能够耐受的情况下，做普通气管镜一般都相对比较安全，风险性可能低于1/10000，而风险主要在于麻醉过敏。整个支气管镜检查过程中，一般比较安全。
但当要进行比较复杂的操作治疗，如进行活检、肿瘤治疗、支架释放等，相对风险性就更高，所以也存在一定危险性。虽然气管镜有相关危险性，但医生会根据病情评估，权衡利弊，如果确实有必要进行检查或治疗，希望患者能调节心态，配合医生完成。一般都是有丰富临床经验的医生操作。
