柠檬的品种分类邦尼布雷(Bonnie Brae)：果皮较薄，无籽，表皮光滑，形状呈椭圆体，主要种植于美国圣迭戈县。

　　灌木柠檬：移植生长于澳大利亚亚热带地区的柠檬品种，非常硬且皮厚，具有纯正的柠檬味道，其果皮可以用于烹饪。在阳光充足的地区该品种的柠檬树可长至4米。

　　尤力克(Eureka)：周年开花结果的柠檬品种，是超市里常见的柠檬品种。

　　费米耐罗圣特雷莎(Femminello 或 Sorrento)：原产于意大利，果皮中柠檬油的含量较高，是经常被用来制造柠檬酒的柠檬品种。

　　粗皮柠檬(Jhambiri、rough lemon 或 bush lemon)：果皮粗糙，外表呈柠檬黄，且非常酸，在东亚主要被用于根砧木进行育种。

　　里斯本(Lisbon)：苦柠檬中品质较好的一种，汁水多且酸度高，与尤力克非常类似。该品种的柠檬树生长力旺盛且多产。

　　中国柠檬(Meyer lemon)：柠檬与某种桔子或柑橘的杂交，英文名以前美国农业部部长弗兰克·迈耶的名字命名，他在1908年首先发现了这一品种。与里斯本和尤力克两个品种相比，中国柠檬酸度更低、皮薄且更耐霜冻。相对于其他品种，中国柠檬在运输途中需要更多的保护，该品种也没有大面积地商业化种植。中国柠檬成熟的时候表皮呈现橘黄色。

　　粗柠檬(Ponderosa lemon)：对低温较为敏感，果皮非常厚且体积大，有可能是枸橼与柠檬的杂交体。

　　红粉斑斓(Variegated Pink)：属于里斯本或者尤力克的变种品种，叶片呈杂色样，且未成熟时果皮呈绿色。当果实成熟时则变为黄色，果汁和果肉呈粉红色或桃色。维尔托(Verna)：西班牙当地的变种，其来源不明。Yen Ben：来自澳大利亚的栽培变种。