儿童分离性焦虑症的治疗主要依靠行为疗法，包括系统脱敏法、情景再现法、行为消退法及心理支持疗法。若行为疗法无效，则可以考虑采用药物干预，可使用舍曲林、帕罗西汀等选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，丙咪嗪、氯丙咪嗪等传统三环类抗抑郁药，阿普唑仑、劳拉西泮等苯二氮䓬类药物，若患儿出现胸闷心悸等症状还可使用普萘洛尔。
一、药物治疗
1、选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRIs)：帕罗西汀、舍曲林等选择性5-羟色胺再摄取抑制剂类药物疗效肯定，目前被认为是治疗儿童分离性焦虑的首选药物。
2、三环类抗抑郁药物(TCAs)：丙咪嗪、氯丙咪嗪等药物，是传统的三环类抗抑郁药物，用于治疗抑郁症、焦虑症、强迫症等，其主要机制是5-羟色胺和去甲肾上腺素的抑制，提高患儿情绪。
3、苯二氮䓬类药物：
（1）阿普唑仑、氯硝西泮、劳拉西泮等：这类药物为中、高效价苯二氮䓬类药物，可有效缓解短期焦虑，适用于青少年患者的长期治疗。
（2）地西泮：为低效价苯二氮䓬类药物，若患儿对高效价苯二氮䓬类药物表现出脱抑制反应，可使用低效价类药物。
4、β-受体阻滞剂：普萘洛尔，可有效缓解患儿的心慌、胸闷等自主神经功能紊乱症状。
二、手术治疗
一般不需要手术治疗。
三、其他治疗
1、支持性心理治疗：尽快帮助患儿适应新环境，新环境中的抚养人要向患儿主要依恋对象了解患儿的饮食起居及生活习惯、性格、惯用词汇及表达需要和要求的特殊方式。对幼儿宜采用非语言交流方式，在给予抚摸、哄劝、承诺过程中减少陌生感，转移注意力，给患儿玩他喜欢的玩具、给他讲故事、听音乐﹑陪他做游戏等，能够引起患儿兴趣的事物或活动，可以使他的心情平静并获得愉悦体验，学龄前儿童除提供适当游戏、绘画、电视外，在治疗前，用患儿容易理解的词语和方法解释其过程，多使用鼓励性语言。学龄期儿童重点以语言交流为主，交流时要态度诚恳﹑语言生动、表情温和，在进行各种操作及治疗前均说明目的、方法以及操作会带来的不适，以取得合作，并尊重患儿的选择，尊重患儿的人格时，认真解答患儿的提问。
2、心理教育：对患儿及家庭同样重要，包括解释症状表现、治疗方法和步骤等。经过心理教育和疏导，可以提高治疗依从性。如当患儿较小，症状轻或中等严重时，可以进行心理教育，讲道理，告诉他爸爸妈妈要上班，要工作。同时让父母鼓励孩子如何面对新环境，不要过分责怪困境，要通过行动来解除分离焦虑。还应告诉患儿在学校需要团结合作，大家要相互帮助。一旦他同意到学校去，要帮他把可能遇到的困境降低到最低程度。
3、家庭治疗：对一些分离焦虑的儿童有时需要进行家庭治疗，因为家长的知识水平、教育方法，直接影响孩子心理素质的发展，且父母的焦虑情绪和态度对孩子有暗示作用。父母与孩子交流他们的感受，教孩子克服分离焦虑，按时上学的方法，培养孩子的顽强意志和良好的性格，锻炼适应新环境的能力。家庭治疗的核心应该放在调整父母与儿童的关系上，母亲和儿童有较强的亲和力，往往和爸爸有排斥力。
4、生物反馈治疗：此方法适合于年龄偏大的患儿，通过记录肌电、皮电、皮温、呼吸、心率，脑电等指标，并用反馈的方法改变这些指标，对患儿进行放松训练，从而缓解分离性焦虑情绪。