导致痛性肥胖病发病的因素有很多，包括遗传因素、神经精神因素和内分泌因素等，主要发病人群为30~50岁的女性肥胖患者，代谢障碍为主要的诱发因素。
一、主要病因
1、遗传因素：痛性肥胖者多有家族史，常常父母有痛性肥胖子女也出现痛性肥胖，遗传因素造成的肥胖常自幼发胖，且伴有高脂血症或高脂蛋白血症。
2、神经精神因素：实验及临床中证实下丘脑在高级神经调节下有调节食欲的中枢，其中腹内侧核为饱食中枢(又称厌食中枢)，兴奋时有饱感而食欲减退，抑制时食欲大增。腹外侧核为食饵中枢(又称嗜食中枢)，兴奋时食欲旺盛，抑制时则厌食或拒食。正常情况下二者相互调节，相互制约，当二者功能紊乱时，饱食中枢抑制或食饵中枢兴奋均可提高食欲而致肥胖。此外，食饵中枢功能受制于精神状态，当迷走神经兴奋而胰岛素分泌增多时，常出现食欲亢进；精神过度紧张而交感神经兴奋或肾上腺素能神经受刺激时，食欲受抑制。腹内侧核为交感神经中枢，腹外侧核为副交感神经中枢，二者在本症发病机理中起着重要作用。
3、内分泌因素：痛性肥胖者胰岛素分泌偏多，促进脂肪合成抑制脂肪分解，另一方面肥胖者又存在胰岛素抵抗，脂肪细胞膜上胰岛素受体较不敏感，脂肪细胞上单位面积的胰岛素受体密度减少，也促进脂肪合成。进食过多可通过对小肠的刺激产生过多的肠抑胃肽，肠抑胃肽刺激胰岛β细胞释放胰岛素，同样促进脂肪合成。随年龄增高甲状腺功能、性腺功能亦趋低下时，脂肪代谢发生紊乱，体内脂肪分解减慢而合成增多，使脂肪堆积。
二、诱发因素
本病患者垂体、肾上腺、甲状腺及性腺分泌功能正常，发现病人存在周围性胰岛素抵抗现象，对糖的摄取和氧化正常，对去甲肾上腺素的反应低下，缺乏胰岛素抗脂肪溶解作用，故认为本病可能是由于代谢障碍所诱发，可能因异常脂肪堆集影响皮神经而引起局部疼痛，也可因皮神经变性而导致痛觉减退。