小儿心脏有个洞是先天性心脏病的一个表现，病因目前尚未清楚。从发育过程来看，心脏的形态学发育在妊娠第六周内即已经完成，因此各种因素只有在这一个时间窗内才有可能严重影响心脏的发育，并导致心脏形态学畸形。至今为止，多数先天性心脏病的血管畸形的发生，尚无确切的内在或外在因素可研究，仅有10%的病因得到证实。
在可能诱导心血管畸形的外因中，宫内的感染如风疹病毒是已经确定的因素。此外，环境因素包括吸烟，从事油漆装饰和汽车修造的工人，接触化学制剂等及一些育母疾病，包括叶酸缺乏、放射性线的接触、抗肿瘤药物及抗癫痫的药物。代谢性疾病，如糖尿病、苯丙酮尿症、高钙血症，均可能与心血管畸形的发生有关，这些外因诱导心血管畸形的占总发生率的2%-4%。
内在的因素方面，近20年来随着分子基因的突破，特别是人类基因组计划的实施，已有越来越多心血管畸形相关的基因缺陷被发现，目前认为基因角度研究心血管畸形可分为三类，包括染色体畸形、单基因的异常、多基因的病变。由于环境的外因素和多种基因结构变化共同作用，诱导发生心血管畸形，大部分心血管畸形的发生均都归入此类。绝大多数先天性心血管畸形的病因尚未得到证实，但是胎儿周围环境和遗传因素的综合作用成为病因学研究的共识。因此加强孕期营养的补充，预防感染性疾病，避免致病相关因素的接触对于预防先天性心血管畸形的发生具有积极的作用。
