新生儿心脏有个洞说明有先天性心脏病，可以是房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭，目前确切的原因不是很清楚，但是根据研究与以下因素有关系。

一、内部因素:

1、遗传：最常见的病因就是内在的遗传因素决定，假如父母有先天性心脏病，新生儿心脏有洞的可能性就非常大，明显高于父母没有先天性心脏病的可能性；

2、染色体畸形：如果新生儿本身患有染色体的畸形，比如21-三体综合征、18三体综合征等染色体的畸形，或者是患有单基因病变，比如马凡氏综合征等，这些也都会引起先天性心脏病的发生。

二、外部环境因素：

1、化学因素：尤其是在母亲怀孕的前3个月之内，遭受到外部环境因素影响，导致心脏会有个洞，早期有病毒感染，比如风疹病毒感染，就会容易出现房间隔缺损等先天性心脏病的情况，导致心脏有洞。或者是有一些服用了化学药物，也会导致心脏有洞。或者是缺乏叶酸，或者还伴有其他的神经管畸形，这是化学的因素；

2、物理因素：还有一部分是物理的因素，就是怀孕早期不知道怀孕，拍了片子、照了射线，也有可能会导致心脏有个洞。

所以心脏有洞，多是由于内部和外部环境相互作用导致，可能本身有基因的缺陷，然后又受到了外部物理的射线影响，受到了生物、化学因素的影响，从而导致心脏有个洞无法闭合，使心脏的发育停滞在某一个阶段，导致了先天性心脏病的发生。