经食道超声心动图从准备到检查完毕大概需要20分钟，包括术前先要签署知情同意书，采用盐酸丁卡因或利多卡因口服对喉部进行局部麻醉，术后清洗和消毒探头等。
术中从导管进入食道到结束检查不超过5分钟，一方面考虑到患者的耐受程度，要将损伤降低到最小，有一部分患者喉部比较敏感，可能要反复操作2-3次才能将导管正确、顺利的插入；另一方面在检查过程中探头温度会不断上升，探头超过41℃时就会有提示，超过42℃的时候可能对患者的食道造成灼伤，因此检查要求时间不能过长。在检查过程中一般是全面留图，术后对所有的图像再进行分析、整合、出报告。
