最佳治疗方案很大程度取决于患者年龄、症状轻重、合并症及贲门失弛缓的分型等。其属于姑息性治疗，通过给予能够诱导食管下段括约肌松弛的药物(肉毒杆菌毒素注射)或通过内窥镜(球囊扩张术或经口内镜下肌切开术机械破坏括约肌完整性，来减轻阻塞或手术减轻患者症状，并改善生活质量。
一、药物治疗
药物治疗一般采用降低迷走神经张力的药物，如阿托品、罂粟碱、颠茄类药物，以解除食管下端括约肌痉挛。也可应用β受体阻滞剂，如心得安治疗，也有人主张应用硝酸甘油加镇静剂来解除食管下端括约肌痉挛，近年有报道应用钙拮抗剂心痛定取得满意效果。贲门失弛缓症伴有精神因素的患儿，给以较好的精神护理，但保守疗法作用有限。
二、手术治疗
1、Heller肌切开术：该方法目前已非常成熟，开放式Heller肌切开术于1913年首次被提出，近年已发展至腹腔镜下Heller肌切开术，并且能在切开的同时行胃底折叠，从而减少术后反流风险。腹腔镜下Heller肌切开术并发症少，长期效果更好。多项腹腔镜下Heller肌切开术伴或不伴胃底折叠术的随机对照研究显示，两种方案症状改善率无明显差异，行胃底折叠术者术后胃食管反流症状发生率较低。相关系统综述指出，经中位时间35个月的随访，腹腔镜下Heller肌切开术的平均有效率为89%(76%～100%)；随访5年后有效率下降至65%～85%。该术式并发症发生率为6.3%，但只有不到0.7%的患者出现临床后果。
2、经口内镜下肌切开术(POEM)：是治疗贲门失弛缓症的最新手段，自2010年引入临床以来，POEM以其微创优势而在全世界范围内日益普及。多项研究证实，POEM的短、中期疗效较好，可改善贲门失弛缓症患者的临床症状，但术后反流发生率较高是POEM技术的一大缺陷。
3、神经干细胞移植：有研究提出由分离自胃肠道活检黏膜组织的肠神经系统干细胞培养产生的神经球样体，可用于治疗无神经节胃肠道疾病。但对于干细胞移植技术是否能成功应用于贲门失弛缓症的治疗，仍需进行更多研究探讨。