输尿管损伤后，治疗应恢复输尿管连续性，避免尿液漏出，保护患侧肾功能。外伤性输尿管损伤的处理原则应先抗休克，处理其他严重的合并损伤，然后处理输尿管损伤。
一、一般治疗
在进行腹腔手术时，术中和术后早期发现输尿管损伤，在清除外渗尿液后，按照具体情况进行处理。
二、急症治疗
1、首先抗休克治疗，积极处理引起输尿管损伤的病因。
2、术中发现的新鲜无感染输尿管伤口，应一期修复。
3、如果输尿管损伤24h以上，组织发生水肿或伤口有污染，一期修复困难时，可以先行肾脏造瘘术，引流外渗尿液，避免继发感染，待情况好转后再修复输尿管。
三、药物治疗
1、早期使用抗生素预防感染，如头孢曲松、左氧氟沙星。
2、应给予镇痛药物，如氟比洛芬，但是应明确诊断除外胸腹部其他脏器损伤时方可应用，以免掩盖症状。
四、手术治疗
1、输尿管支架置放术：对于输尿管小穿孔、部分断裂或误扎松解者，可放置双J管或输尿管导管，保留两周以上，一般能愈合。
2、肾造瘘术：对于输尿管损伤所致完全梗阻不能解除时，可以肾脏造瘘引流尿液，待情况好转后再修复输尿管。
3、输尿管成形术：对于完全断裂、坏死、缺损的输尿管损伤者，或保守治疗失败者，应尽早手术修复损伤的输尿管，恢复尿液引流通畅，保护肾功能。同时，彻底引流外渗尿液，防止感染或形成尿液囊肿。手术中可以通过向肾盂注射亚甲蓝，观察术野蓝色液体流出，来寻找断裂的输尿管口。输尿管吻合时需要仔细分离输尿管并尽可能多保留其外膜，以保证营养与存活。
（1）输尿管一肾盂吻合术：上段近肾盂处输尿管或肾盂输尿管连接处撕脱断裂者可以行输尿管一肾盂吻合术，但要保证无张力。若吻合处狭窄明显时，可以留置双J管作支架，2周后取出。近年来，腹腔镜下输尿管一肾盂吻合术取得了成功，将是一个新的治疗方式。
（2）输尿管一输尿管吻合术：若输尿管损伤范围在2cm以内，则可以行输尿管端端吻合术。输尿管定要游离充分，保证无张力的吻合，双J管留置2周。
（3）输尿管一膀胱吻合术：输尿管下段的损伤，如果损伤长度在3cm之内，尽量选择输尿管一膀胱吻合术。该手术并发症少，但要保证无张力及抗反流。双J管留置时间依具体情况而定。
（4）交叉输尿管一输尿管端侧吻合术：如果一侧输尿管中端或下端损伤超过1/2，端端吻合张力过大或长度不足时，可以将损伤侧输尿管游离，跨越脊柱后与对侧输尿管行端侧吻合术。尽管该手术成功率高，但也有学者认为不适合泌尿系肿瘤和结石的患者，以免累及对侧正常输尿管，提倡输尿管替代术或自体肾脏移植术。
（5）输尿管替代术：如果输尿管损伤较长，一侧或双侧病变较重，无法或不适宜行上述各种术式时，可以选择输尿管替代术。常见的替代物为回肠，也有应用阑尾替代输尿管取得手术成功者。近年来，组织工程学材料的不断研制与使用，极大地方便并降低了该手术的难度。
4、放疗性输尿管损伤：长期放疗往往会使输尿管形成狭窄性瘢痕，输尿管周围也会纤维化或硬化，且范围较大，一般手术修补输尿管困难，且患者身体情况较差时，宜尽早行尿流改道术。
5、自体肾脏移植术：当输尿管广泛损伤，长度明显不足以完成以上手术时，可以将肾脏移植到髂窝中，以缩短距离。手术要将肾脏缝在腰肌上，注意保护输尿管营养血管及外膜。不过需要注意的是，有8%的自体移植肾者术后出现移植肾无功能。
6、肾脏切除术：损伤侧输尿管所致肾脏严重积水或感染，肾功能严重受损或肾脏萎缩者，如对侧肾脏正常，则可施行肾脏切除术。另外，内脏严重损伤且累及肾脏无法修复者，或长期输尿管瘘存在无法重建者，也可以行肾脏切除术。