辅助生殖操作后的膀胱和输尿管损伤患者的治疗原则为，根据患者情况选择治疗方法，辅助生殖操作后的膀胱和输尿管损伤的处理方式取决于膀胱和输尿管损伤的程度以及腹腔污染程度、炎症粘连状况，轻症者可以选择保守治疗，并严密观察患者病情，病情不缓解或加重时需要进行手术治疗，结合患者临床症状以及体征，选择合适的治疗方法。
一、药物治疗
1、平衡盐溶液：平衡盐溶液是溶液中电解质含量与血浆内含量相仿的盐溶液称为平衡盐溶液。例如乳酸钠和复方氯化钠溶液，可以补充丢失和必须的液体。
2、抗生素：对于辅助生殖操作后的膀胱和输尿管损伤患者，防止尿液渗漏入腹腔，造成感染，可以早期使用抗生素抗感染治疗，若怀疑患者有腹腔感染，穿刺抽出液体，则需要送至实验室进行培养，以便于选择针对性的抗生素对其进行控制。需要早期使用抗菌药，如阿莫西林、左氧氟沙星等药物预防感染，抗菌药物的剂量一般按体重计算，还要结合年龄和肾功能、感染部位而综合考虑。如老年人肾功能趋向衰退，禁用或者慎用有肾损害的药物，使用一般药物量，都有过量的危险。
二、手术治疗
切除手术：1、对于辅助生殖技术操作后血管损伤患者出现腹痛，伴有腹膜刺激征，短时间内腹痛范围迅速增大，通过B超等检查及穿刺出尿液的患者，应及时修复并留置输尿管内支架管引流尿液。
2、但如估计输尿管血供已受损，以后有狭窄可能时应切除损伤段输尿管后重吻合。为保证手术的成功，无活力的损伤输尿管应彻底切除。但吻合口必须无张力，吻合口必须对合好并用可吸收缝线间断缝合。下段输尿管近膀胱处损伤可用黏膜下隧道法或乳头法等抗逆流方法与膀胱重吻合。
3、如在手术后才发现输尿管损伤，原则上应争取尽早手术。术后患者常无再次手术的条件而漏尿又常发生在术后10天左右，此时创面水肿，充血脆弱，修复的失败机会较大。
4、故无手术修复条件者可先作肾造瘘，以后再二期修复。为预防手术中误伤输尿管，可于术前经膀胱留置输尿管导管，作为手术时的标志。以肠道替代输尿管的手术方法并发症较多，应慎用。