小儿骨与关节结核的治疗主要是依靠抗结核药物进行治疗，部分患者可以采用病灶清除、滑膜切除、关节融合、脊髓减压及截骨矫形等手术方法进行治疗，还可以采用局部制动、局部注射等方式进行治疗。
一、药物治疗
1、抗结核药物治疗：严格遵循“早期、规律、全程、适量、联合”的原则，目前，骨关节结核化疗方案按疗程长短可分为标准化疗、短程化疗等，但是关于其药物配伍、疗程长短等尚没有统一的界定。
（1）标准治疗方案：主要药物为异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素，联合用药，强化治疗3个月后停用链霉素；继续用异烟肼+利福平+乙胺丁醇9~15个月，总疗程12~18个月。
（2）短程化疗方案：时间为6~9个月，整个治疗过程分为强化期和巩固期：强化期3个月，建议用5种或5种以上药物；巩固期为疗程的后3~6个月，建议用3种或3种以上药物。
2、抗骨关节结核药物：
（1）大环内酯类抗生素：许多难治性骨关节结核、感染细胞壁缺损的L型结核分枝杆菌等，可通过抑制细菌蛋白合成来发挥良好的抗菌作用如红霉素或克拉霉素。
（2）氟喹诺酮类药物及其衍生物：与其他抗结核药不产生交叉抗药性，另外临床试验亦证明，环丙沙星和氧氟沙星均具有杀灭结核分枝杆菌的效果，并与异烟肼、利福平、链霉素等联合应用有相加疗效。
二、手术治疗
有大的脓肿不能吸收，骨结核有穿破关节的倾向；非手术治疗3~6个月无效的滑膜结核；全关节结核；有神经、脊髓症状，可采取手术治疗。手术治疗的方法包括病灶清除，滑膜切除、关节融合、脊髓减压及截骨矫形等。通常根据病变部位、病程的阶段、药物治疗反应和是否有合并症等，选择手术方法。病灶清除术是最常用的手术，在抗结核药物和全身支持疗法的辅助下，通过不同的手术途径，清除死骨和坏死的软骨、干酪样物质、肉芽组织及脓液，可明显缩短疗程，防止并发症和保留关节及肢体功能，术后继续用药物治疗，可使骨、关节结核彻底治愈。
三、其他治疗
1、局部制动：石膏固定、支具固定、牵引等，目的是保证病变部位的休息，减轻疼痛等。
2、局部注射：局部注射抗结核药物等，具有药物剂量小、局部药物浓度高、全身反应小等优点，常用药物为异烟肼，寒性脓肿慎用局部注射。