小儿骨与关节结核的主要病因是结核分枝杆菌感染，多为继发性结核病变，其中80%病变的结核菌是从肺结核经血路侵入骨、关节所致，少数继发于淋巴结和消化道结核，骨与关节的直接感染罕见。
接触开放性肺结核病人、患者本身患有其他部位结核病并且未完全治愈、机体免疫力低下、出生后未接种卡介苗、接种未经灭活卡介苗等都有可能诱发本病。