近十几年来，慢性乙肝抗病毒治疗取得了很大的进展，目前国内外抗乙肝病毒的药物分为两大类，即核苷类药物和干扰素，核苷类药物包括拉米夫定、替比夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦和替诺福韦酯。
干扰素包括普通干扰素α和聚乙二醇干扰素α，通过长期的临床实践，这些抗病毒药物的长期疗效和安全性都逐渐被认识。两类药物各有优缺点，核苷类似物相当于为乙肝病毒设置了一道屏障，口服方便，抑制乙肝病毒复制的作用强，副作用小。
经过治疗，可以抑制病毒复制，使肝功能恢复正常，肝组织炎症及纤维化得到明显的改善，降低了肝硬化及其并发症，肝细胞肝癌的发生。恩替卡韦和替诺福韦酯属于高耐药基因屏障药物，且副作用小，目前被欧美、亚太及中国指南推荐为慢性乙肝肝硬化抗病毒治疗的首选药物。
恩替卡韦耐药率低，5年内耐药率仅有1.2%，替诺福韦酯2014年在中国上市，至今未发现病毒耐药，替诺福韦酯是妊娠B类药，要在医生根据患者具体情况，评估风险收益比的基础上，可以考虑用于孕妇。
替比夫定在少数患者可以引起肌酸激酶升高，肌炎因或者横纹肌溶解。阿德福韦酯则对肾脏和骨骼代谢有潜在的副作用。虽然核苷类药物服用方便，抑制病毒能力强，但在E抗原血清转换学和降低表，乙肝表面抗原浓度方面作用并不理想，而且疗程比较长。
干扰素疗程相对固定，容易停药，在E抗原血清学转换和将乙肝表面抗原方面具有优势，但是皮下注射不方便，副作用多，有导致肝功能衰竭等并发症的可能，失代偿期肝硬化患者禁用，代偿期肝硬化患者也要慎用。
我国2015年发布的慢性乙型肝炎防治指南中明确提出，对初治慢性乙肝及肝硬化患者，优先推荐恩替卡韦、替诺福韦酯或聚乙二醇干扰素，指南同时还提出，对于部分患者要追求临床治愈。
也就是说停止治疗后HBV-DNA持续阴性，乙肝表面抗原消失，肝功能正常和肝脏组织学改善，要想实现这一理想目标，有时需要两种药物联合治疗，具体的用药情况还希望到正规的医院，经医生当面沟通，根据自身的病情情况来制定具体的治疗方案。
