瘰疬性皮肤结核病治疗的目的是杀灭结核杆菌、缩短临床过程、防止复发，治疗原则应该是早期、联合、适量、规则、足疗程，注意药物不良反应。
一、药物治疗
1、异烟肼：异烟肼对本病有良好疗效，急性肝病、对异烟肼有严重不良反应史、有肝损伤和药物性肝损伤史、对本品存在严重超敏反应者禁用本品。
2、利福平：利福平对本病有良好疗效，应用利福平常见不良反应有会影响血液系统、肝脏、免疫系统及肾脏等，利福平主要通过胆汁排泄，因此对于肝功能紊乱的患者用药时应特别注意。
3、吡嗪酰胺：本品具有较大毒性，儿童不宜使用，急性痛风者、重度肝损伤者、对吡嗪酰胺有超敏反应者禁用。如果出现肝细胞损伤特征、高尿酸血症合并急性痛风性关节炎时，应及时停药不要使用。
4、乙胺丁醇：本品适用于与其他抗结核药联合治疗，按体重给药。老年人伴有生理性肾功能减退，应按肾功能调整剂量，13岁以下儿童不宜应用本品，13岁以上用量与成人相同。本品可致肝毒性、过敏反应、超敏反应、视神经炎等严重不良反应，在用药期间应监测血尿酸值，避免引起痛风发作。
5、链霉素：本品可与其他抗结核药联合使用治疗，老年患者即使肾功能正常仍应采用较小剂量治疗，儿科慎用。用药过程中应定期检查尿常规、肾功能及听力，有条件时应监测血药浓度，并据此调整用药剂量。
6、其他药物：对氨基水杨酸为辅助用药，常与其他抗结核药物合用，对瘰疬性皮肤结核病有良效，不良反应较异烟肼、链霉素多。乙硫异烟胺对耐异烟肼、链霉素和对氨基水杨酸的人型结核杆菌有抑菌作用，半数病例发生胃肠道反应。环丝氨酸其抑菌作用仅为异烟肼的四分之一，对耐异烟肼和链霉素的菌株有抑制作用。另外，对于耐药患者，可选用喹诺酮类药物，还可选用氯法齐明、阿莫西林等对结核疗效不明确药物治疗。
二、手术治疗
皮肤结核早期损害比较小时，可用外科手术直接切除，配合抗结核药物治疗能起到很好的效果。手术时应该注意，在皮肤损害外0.5cm处正常皮肤处切开，并达到合适的深度，以免病灶切除不干净导致复发。
三、其他治疗
对没有溃破的脓肿，可以用无菌注射器抽出脓液再注入异烟肼或阿米卡星治疗，对已经破溃的疮面，外用药物可以促进皮损处愈合，可外敷异烟肼粉末或软膏。