扁桃体结石取出在严格意义上并不是一个手术，所以不用住院，可在门诊进行这项治疗。对于隐窝型扁桃体炎的病人，隐窝口常会长扁桃体结石，有一些病人会有咽异物感或者咽部磨感明显，耳鼻喉科医生可以用镊子或钝头器械将结石取出。有一些咽反射敏感的病人，可以在咽腔局部用表面麻醉药后进行取出。这只是一项简单的治疗，并不是手术。
对于反复长扁桃体结石的病人，咽异物感很难耐受，或者有严重口腔异味等症状的病人，可能需要进行手术治疗，这时需要住院，在全麻或者局麻进行手术。要避免扁桃体经常长结石，可以用漱口水，同时避免诱因，比如避免上呼吸道感染、疲劳，饮食注意要清淡，避免刺激、上火的食物。
