口服和输液治疗药物需要先吸收入血，再随血流分布到身体的各个器官，其中一部分分布到肺部起到的是治疗作用，分布到肺部以外的药物，起的作用就是不良反应。
雾化属于局部用药，目标明确，药物可以直接吸入到肺部起作用，因此起效较迅速，与口服、输液相比，用药量较少，发生不良反应少很多，不需要患者的刻意配合，因此特别适合小朋友使用。要达到相同的治疗效果，吸入用药量往往只有口服或者静脉用药的十几分之一。
雾化吸入治疗如果使用不当也会引起副作用。激素类吸入药物停留在口咽部可引起声音嘶哑、咽部疼痛及口腔真菌病等。因此吸药后应及时漱口来减少激素在口咽部的停留。少部分患者使用支气管舒张剂可能引起骨骼肌震颤、头痛或者心率加速。如果出现这种情况，应减少药物用量或者停止雾化。
