尽管雾化用药有很多优点，但是并不是所有的药物都适合雾化，有些药物脂溶性低，在肺部停留时间短，不适合做雾化用药，比如地塞米松。静脉制剂中因为常常含有防腐剂，吸入后可以诱发哮喘发作，也不适合做雾化，比如说氨溴索。中成药因为没有雾化剂型，无使用证据，也不推荐做雾化使用。
较常用的雾化吸入药物有吸入糖皮质激素，比如布地奈德；支气管舒张剂包括特布他林、沙丁胺醇、异丙托溴铵等；另外还有化痰药，比如吸入用乙酰半胱氨酸。
一般情况下，根据疾病的不同或者病情的不同阶段，选择不同的雾化吸入药物，有时单独用药，有时需要联合使用。比如较常用的激素类布地奈德和支气管扩张剂特布他林或者沙丁胺醇一起使用，这种情况较多。另外如果有痰，可以再加用化痰药乙酰半胱氨酸。
