畸形胎儿是一般人的说法，从学术上来讲叫做出生缺陷，出生缺陷主要包括形态学上的和功能上的缺陷。畸形胎儿孕期能否检查出来主要以下两种情况：

1、不能：目前部分孕期检测还是做不到，比如听力的障碍，或者视力的障碍，甚至是智力的障碍，很难进行孕期检查来排查。有部分极其细小的器官的异常，可能检查比较困难，比如小的末端的多指、并指，或者部分比较微小的出生缺陷就比较困难；

2、能：但是形态学上发现的部分出生缺陷，可以通过系统的孕检、产前诊断的手段来进行筛查。筛查的主要的技术是超声，通过超声检查，可以比较早期地发现胎儿的比如脑积水、脊柱裂、严重的心脏畸形、器官膨出，或者部分比较大的肢体的缺如等，在孕期可以进行筛查。

建议孕妇一定要按时规律地参加系统的孕检，及时地筛查出来胎儿的出生缺陷。