停经40天的患者可以进行药流，药流也就是药物流产，但是存在某些禁忌证。如果患者需要进行药物流产，通常需要根据停经的时间，以及结合B超检查以判断胚胎大小判断，通常要求胎囊大小＜3cm才可以进行药物流产。而患者本身也必须没有肝肾功能障碍，药物流产的药物需要经过肝肾代谢，如果患者的肝肾功能不佳，也不建议进行药物流产。

药物流产属于一种不全流产，绒毛排出后，宫腔内还有较多的蜕膜需要逐渐排出。如果排出时间特别慢，可以造成药流后患者出血时间较长，甚至可能超过1个月。另外药物流产不全，可能会影响子宫收缩，以及宫腔内血管闭合，造成患者在药物流产后发生大出血，清宫手术可以达到止血的目的。因此停经40天的患者可以进行药物流产，但是可能会有其不良反应和并发症的情况。