胆源性胰腺炎预后良好，急性胰腺炎本身可以治愈，但部分胆源性胰腺炎患者胆系结石没有得到解决，可能会反复发作急性胆源性胰腺炎。反复发作胰腺炎可能会损伤胰腺功能，造成胰腺纤维化及萎缩，从而进展成为慢性胰腺炎。一旦进展至慢性胰腺炎则不可恢复，患者会出现消化不良的各种症状，包括进食后上腹痛、腹泻及体重下降等情况。因此建议胆源性胰腺炎患者在胰腺炎恢复后要针对胆结石进行治疗，可以考虑行胆囊切除术等。

部分患者在胆囊切除后，胆结石没有形成场所，没有胆结石，胆结石嵌顿到胆总管的发生风险随之下降。但不排除部分患者在胆囊切除后，胆管内仍然形成结石情况。需要长期口服调节胆汁分泌药物，如熊去氧胆酸。