孕期注射肝素对胎儿几乎没有影响，孕期注射肝素通常使用低分子肝素，低分子肝素无法通过胎盘屏障，不会对胎儿产生影响。

注射肝素可治疗母亲的血栓前状态，预防母亲循环出现问题后，导致无法正常对胎儿供血，或者因为免疫因素需要改善凝血功能，从而预防血栓。目前研究认为低分子肝素对于胎儿较安全，无论在孕期还是在哺乳期，均可以使用低分子肝素。