普通胃镜和无痛胃镜各有利弊。普通胃镜是应用局部咽喉部麻醉剂，不用全身麻醉剂，而无痛胃镜是需静脉应用全身麻醉剂，故普通胃镜不存在麻醉风险，但检查过程中可能有较大痛苦、恶心、呕吐反应，且会进一步影响到医生对胃黏膜的观察。
无痛胃镜是采用全麻方式，病人会处于睡着状态，没有感觉，等到做完胃镜之后麻药作用停止，病人就会逐步清醒，除少数高龄、心肺功能差的病人不适合做无痛胃镜外，其它人群做无痛胃镜都比较安全，但有一定的潜在麻醉意外。通常医生会在胃镜检查之前对病人进行全面评估，根据病人身体情况以及需求进行具体选择。
