胃镜检查可能会造成胃穿孔，但几率较低，总体而言属于比较安全的检查项目。在胃镜检查和治疗过程中，若发现胃部病变需取活检，可能造成胃壁损伤甚至诱发穿孔。另外，在操作过程中，暴力进镜也会造成咽喉部梨状窝或者十二指肠穿孔。假如病人恶心、呕吐反应比较重，导致检查时视野不清楚，也有可能造成穿孔。若出现穿孔的情况，患者会表现出剧烈腹痛、腹胀，需及时就诊，进行外科手术治疗。
胃镜检查过程中还可能出现咽喉部损伤、咽喉部疼痛，通常三天左右可自行缓解。假如症状不缓解，可以含服含化片，严重者可去耳鼻喉科查看是否有咽喉部损伤、颞下颌关节脱位等情况。
