不管是年轻人还是老年人，做胃镜检查均有一定程度的潜在伤害，但几率非常低。对于大部分人而言，胃镜检查时会出现恶心、呕吐，甚至剧烈呕吐。部分患者还可能引起食管黏膜损伤、贲门黏膜撕裂，产生呕血的情况。对于冠心病患者，特别是老年冠心病患者，可能会诱发急性心肌梗死，甚至心肺意外。
假如部分患者发现胃内病变，还需取病理，可能会出现出血不止的并发症。对于以前有颞下颌关节脱臼病史的患者，做胃镜时要张大嘴，可能会出现颞下颌关节脱臼，还可能出现喉头痉挛、咳嗽、腹胀的情况。另外，穿孔是胃镜检查较严重的并发症，通常发生部位在食管下段、咽喉部梨状窝、胃或者十二指肠球降交界处，一旦发生穿孔建议即刻手术治疗。
