如果怀疑肛瘘，做相关检查确定是否是肛瘘。肛瘘是肛门直肠瘘的简称，一般都具有一个内口，一个外口，还有窦道。做肛门指检挤压内口时，外口会开始见到分泌物流出。比较瘦的患者可以摸到皮下有窦道，叫肛门肛瘘。另外，还可以从外口插入比较软的银制探针，有时会从肛门里探到内口，还可以从外口打亚甲兰溶液或牛奶等不同颜色溶液，从肛门镜下看到内口有溶液流出，基本也可以确诊。除临床检查以外，还可以通过辅助检查，比如B超检测肛门周围的窦道和皮下内口、外口的大体位置，核磁共振、CT等也有帮助。
若是少见疾病引起的肛瘘，比如糖尿病病人，或者其它免疫功能低下的患者，或有溃疡性结肠炎等疾病。患者应该检查是否有血糖升高，以及做肠镜排外是否有溃疡性结肠炎等，得到进一步确诊后也不容易耽误患者病情。
