心脏室间隔增厚病因较多，部分患者原来室间隔不厚，因为长期高血压，心脏出现向心性肥厚，即心脏需要用较大的力量将血泵出去，长时间如此，心肌会为了适应这种很强大的收缩力而变得肥厚。如果患者有肥厚型心肌病，室间隔也会增厚，或者患者瓣膜有问题，比如有主动脉瓣狭窄，心脏长期需要用很大的力量才能将血液泵出，室间隔也会增厚。
根据不同病因引起的室间隔增厚，可以采取不同的针对病因的治疗方法。通常情况下，如果是高血压引起的室间隔增厚，要控制血压，避免让室间隔继续增厚。如果是肥厚型心肌病引起的室间隔增厚，很难进行病因治疗，若室间隔增厚已经影响心脏的收缩，造成左心室流出道梗阻，可能需要通过手术的方法把增厚的室间隔心肌切除。如果是瓣膜引起的室间隔增厚，需要把瓣膜的问题解决掉。
