乳果糖的副作用一般较少、较轻，偶尔会有腹部不适，胀气等情况，如果用量比较大或使用时间较长，有可能会引起腹痛、恶心呕吐的情况。使用时间长还有可能出现腹泻，造成水电解质紊乱，脱水、水电平衡失调等。另外对乳果糖内的某些成分出现过敏，也可能会引起过敏反应，或对于乳糖不耐受的孕妇也会出现较明显的不适。
乳果糖作为治疗便秘的一种缓泻药，肠道内被分解成较小的分子，有机酸使得肠道pH值下降，促进益生菌生长，通过增加渗透压可以保留肠道内水分，使得粪便软化，容易排出，另外可以刺激肠蠕动等几个方面缓解便秘的情况。乳果糖副作用出现几率通常较小，一旦出现以上副作用，建议及时要停止使用乳果糖。
