甲状腺的疾病跟吸烟有一定的关系，在吸烟以后，对甲状腺疾病的控制非常不利。当然在甲状腺没有发现疾病的时候，长期吸烟对甲状腺腺体也有伤害。吸烟对全身都存在伤害，甲状腺作为全身重要的内分泌腺体，所以也会受到吸烟的伤害。

吸烟主要是尼古丁的成分，对身体发生过氧化损伤的破坏，严重削弱患者的免疫功能，而甲状腺疾病的发生，大多数与免疫功能有关。所以当甲状腺没有疾病的时候，如果免疫功能正常，就能够长期维持正常的功能，不会发生甲状腺功能减退或甲状腺功能亢进、甲状腺结节、甲状腺炎等容易出现的疾病。

一旦出现了免疫功能的减退，例如吸烟，削弱了身体的免疫功能，就容易使机体出现甲状腺免疫功能受损而引起的相关疾病。一旦出现以后，吸烟还可以继续损害甲状腺，使甲状腺的腺体组织继续发生过氧化的损伤和自身免疫反应。

而自身免疫反应侵犯了甲状腺，就可以破坏甲状腺的功能。所有的自身免疫反应，其实结果都是破坏，如果自身免疫反应发生在甲状腺，机体就可以检测出甲状腺相关的自身免疫性的抗体。因此平时检查甲状腺功能，有时可以查到甲状腺球蛋白抗体的阳性或水平升高。

另外，甲状腺过氧化酶抗体、促甲状腺素受体抗体的滴度升高，皆跟甲状腺发生的自身免疫反应有关。而自身免疫反应跟长期吸烟削弱了身体的自身免疫功能也有着密切的关系，一旦得了甲状腺疾病，还要继续吸烟，也会影响疾病的预后和恢复。