大豆异黄酮不可以长期、过量地服用，因为大豆异黄酮作为一种雌激素的类似物，有一定的应用适应症，比如对于更年期骨质疏松的人群，如果适当应用大豆异黄酮，利用其雌激素类似物的作用，能够发挥出缓解更年期症状的作用，对预防和缓解骨质疏松症状有积极的作用。
如果不加节制，长期、大量地补充大豆异黄酮，就会加重人体肝脏的负担，进而会使肝细胞发生坏死，甚至会出现腹水情况。大豆异黄酮的代谢产物，也会影响到人体肾脏代谢的功能，使肾功能下降，出现排出尿液减少，造成全身浮肿发生的风险增加。
从另外的角度上而言，大豆异黄酮如果不加节制地过多摄入，还会引起癌症发生风险的增加。因此大豆异黄酮一定要在专业人员的指导下，适量、科学地应用。
