肾囊肿对于人体的影响更多在于其占据了肾实质的位置，压迫肾实质影响肾功能的角度。如果肾囊肿在肾里，尤其在肾实质里，一般随着囊肿增大会压迫周围的肾实质，导致局部的肾实质缺血，最终影响肾脏的功能。有些特殊的囊肿对人体的影响更为巨大，比如囊性肾癌。尽管囊肿里是一包水，但是囊肿壁的本身也可能会长肿瘤。如果囊肿壁比较厚，里面有软组织成分，而这些组织又恰恰是恶性的，本身就会对人体有更大的危害。如果其是恶性的，就叫做囊性肾癌。如果不对其进行干预，随着肿瘤的长大还可以出现转移、局部侵犯的情况，甚至于会影响人体的寿命。
