先天性心脏病手术风险大小主要取决于病情种类，如果是较简单先天性心脏病，如室缺、房缺、动脉导管未闭、肺动脉瓣狭窄等，手术风险相对较小，效果通常很好。
但如果为先天性心脏病，如完全大动脉转位、完全房室间隔缺损、主动脉弓中断、主动脉缩窄，大多要求早期进行手术，新生儿期可能需要做手术治疗，手术风险相对较大。但随着医学技术进步、医生手术熟练程度不断增强，风险会逐渐下降，大部分手术后都非常安全，效果很好，故手术风险大小关键看先天性心脏病种类和手术时机，以及当时是否合并其他问题。
如果手术一般状况好，以及没有发烧感冒、肺炎，心功能好，相对非常安全。但如果手术时反复出现肺炎，或者已经出现肺炎合并心衰表现，手术风险会更大。虽然手术风险增大，但如果不手术风险更大，权衡利弊还是要做手术，一般手术效果都非常好。
