十二指肠溃疡一般多数都能治愈，如果治疗不及时，或症状不明显，可能出现并发症，主要包括溃疡穿孔、溃疡出血和幽门梗阻。
胃溃疡出血流向胃腔内，而十二指肠溃疡则向肠腔内流。十二指肠溃疡引起穿孔，相当于胃液、肠液向腹腔流，胃液或十二指肠液刺激性非常强，进入腹腔可引起患者剧烈腹疼。出血流到胃腔或肠腔表现为呕血、便血。便血量少时可以是黑便，量大时暗红色血便。穿孔主要表现弥漫腹膜炎，即腹部疼痛、压疼、反跳疼、肌紧张，腹部木板样，是一种防御反应。因为有穿孔，胃液和咽下气体进入腹腔，立位X光片可以看到膈下游离气体，一般膈下游离气体往往提示穿孔。如果十二指肠溃疡形成瘢痕愈合，可以挛缩梗阻，患者会出现呕吐。以上为十二指肠溃疡三大并发症：出血、穿孔和幽门梗阻。
