在临床上并非脑脓肿患者均可完全康复，部分脑脓肿患者的康复时间需要4周以上。脑脓肿的恢复程度与脑脓肿的位置不存在较大关系，在功能未受到损伤的情况下，患者需进行规范、系统的治疗。部分患者可在进行手术后应用抗生素，对于部分患者无需进行手术，根据细菌类型规范使用抗生素4周以上即可完全康复。
部分患者需进行局部的引流手术，而部分患者需要经过脑脓肿的开颅切除手术，再进行抗生素治疗。部分脑脓肿的位置较深，造成的损害较大，可能会遗留后遗症。若脑囊肿发生在并非重要的功能区，通过4周甚至数月的规范治疗，患者才可完全康复。
