脑脓肿之所以发生坏死，主要与细菌感染以及颅内的一些特殊情况有关。首先，细菌感染性的病灶进入脑组织后会在局部迅速繁殖，从而使局部产生一定的压力，内部的核心部位由于压力的产生，以及细菌的作用发生缺血缺氧从而引起坏死，即中心部位的血液供应不足而引起坏死。
其次，由于细菌的入侵，自身的免疫防御反应发挥作用，白细胞和炎症因子迅速进入脓肿部位，从而与细菌性栓子相互作用，局部就会由于炎性反应、免疫反应而发生一定坏死。最终脓肿的脓腔内部常是一些坏死组织，这些坏死组织由于缺乏血液供应，在磁共振增强扫描时没有明显强化，而脓肿周围脓壁一般是有明显的均匀强化。
正是脓腔内的坏死组织以及脓壁的均匀强化，再加上脓壁周围的大面积水肿，这三大特征是脓肿进行神经影像学检查时非常有特征性的表现，也是从影像学上来确诊囊肿的重要依据之一。
