脑脓肿通常可被治愈。身体其他部位发生脓肿，可能较容易理解，例如手划破，细菌进入形成脓肿。而脑脓肿通常由细菌引起，通过血液循环播散、停留于脑组织中，继而形成脓肿，部分细菌通过破溃、中耳炎、鼻窦炎在脑中形成脓肿。
脑脓肿主要为细菌感染性疾病，早期脓肿壁未形成时不能贸然手术，而应使用敏感的抗生素，进行长疗程、缩量治疗。脓肿壁形成后再采取外科治疗，例如穿刺抽吸、反复的冲洗，使脓肿体积明显缩小后，再行后续加强的抗生素常规治疗。
对于较浅表的脑脓肿，若脓肿壁已经形成且较坚实，也可行开颅剜除脓肿手术。此时，应注意保证脓肿壁的完整性，切勿破坏蛛网膜下腔，若在手术过程中，大量脓液流入蛛网膜下腔使炎症和细菌播散，可能导致严重的后果。
