进行碘-131治疗之后可能会有副作用，主要的副作用是破坏甲状腺组织之后，造成甲状腺功能减低，其他比较少见的作用是患者可能对碘-131治疗过敏。
部分有甲状腺功能亢进突眼的患者，经过碘-131治疗后，突眼有可能缓解，也有可能加重。另外，有部分患者可能担心碘-131治疗对血液系统，包括血常规、白细胞，以及对于血液系统肿瘤会有影响。但是经过多年的实践以及临床观察，不能确定和碘-131治疗相关。
总之，因为碘-131治疗同位素的射线波长相对比较短，破坏的范围主要是集中在甲状腺，对于全身性的危害不会比较大。对于甲状腺功能亢进，尤其是在药物治疗时出现严重的不良反应或者药物治疗、手术治疗之后复发的患者，还是应该积极考虑进行碘-131来根治甲状腺功能亢进。
