肾囊肿一般不会疼，但是如果囊肿比较大，或者脑内有出血、感染时，也会出现疼痛。这种疼痛，一般是以隐痛、胀痛为主，很少会出现锐痛、绞痛的情况。肾囊肿是由膨大的肾小管憩室长大而来，肾小管憩室在长大的过程中会和肾小管分离，形成独立的囊泡，囊泡会不断分泌囊液。随着囊液的不断分泌，囊肿会逐渐增大，大到一定程度，会压迫病人的肾盂，或者牵拉肾包膜，这时病人就可能感觉到腰部隐痛、胀痛等。
另外肾囊肿一旦出现出血，囊内会出现疼痛的情况。囊内有感染时，病人也会感觉到肾囊肿的疼痛。所以如果出现了肾囊肿，而且怀疑有肾囊肿疼痛，这时主要是要找到疼痛的原因，然后给予相应的治疗。如果有出血，可以考虑给予止血药物。如果有感染，可能还会有发热的情况，通常会选择给抗菌素治疗。
